|
|
Úloha helikáz UAP56 a URH49 při virové infekci
Nováková, Veronika ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Helikázy jsou proteiny s katalytickou schopností odvíjení dvouřetězcových nukleových kyselin. Významnou skupinou jsou helikázy s motivem DEAD, do nichž se řadí helikázy UAP56 a nověji objevená URH49. Jedná se o orthology a sdílí některé funkce. Obě helikázy se účastní sestřihu pre-mRNA a podílí se na transportu mRNA z jádra do cytoplazmy. Mírné odlišnosti obou helikáz mohou způsobovat odlišnou afinitu k různým mRNA. Nadprodukce helikázy URH49 byla zaznamenána v mnoha rakovinných tkáních, a proto bylo navrženo, že by mohla fungovat jako potenciální biomarker nepříznivých prognóz nádorových onemocnění. Asociace helikáz UAP56 a URH49 s jaderným exportem vedla k výzkumu jejich role při infekci buněk viry, které se replikují v jádře. Ukázalo se, že helikázy UAP56 a URH49 podporují replikaci virů několika způsoby. Buď se účastní transportu virových RNA do cytoplazmy a napomáhají tak k translaci pro virus důležitých proteinů či hrají roli v jejich enkapsidaci. Dále napomáhají rekrutování exportního komplexu, který je za normálních okolností závislý na tvorbě sestřihového aparátu, k virovým transkriptům bez intronů. U helikázy URH49 byla dále popsána aktivita vedoucí k potlačení jaderného exportu protivirových transkriptů. Klíčová slova: helikázy, DEAD-box, URH49, DDX39A, UAP56, DDX39B, životní cyklus viru
|
|
|
Helikáza DHX9 a její role ve virových infekcích
Kertisová, Anna ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Helikázy jsou proteiny, které zajišťují odvíjení vláken víceřetězcových konformací nukleových kyselin. DHX9 je zástupcem helikáz s DExD/H motivem. Jako substrát rozeznává molekuly RNA, DNA a hybridní struktury. V jádře eukaryotických buněk se DHX9 účastní vytváření replikační vidličky či působí v komplexu transkripčních faktorů a propojuje jiné proteiny s RNA polymerázou II. Následně DHX9 reguluje posttranskripční úpravy RNA. Po přechodu do cytoplasmy napomáhá správnému průběhu translace strukturovaných mRNA. Vzhledem k tomu, že se DHX9 účastní procesů spojených s nukleovými kyselinami, je zkoumána její úloha v životním cyklu virů. Zároveň je součástí antivirových signalizačních drah buňky. DHX9 poskytuje výhodu RNA virům a retrovirům v jejich replikačním cyklu různými způsoby. Signifikantní je vazba DHX9 na sekundární struktury virových RNA a jejich případná remodelace, která vede k podpoře virové replikace, transkripce i translace. Oproti tomu DNA viry využívají DHX9 k regulaci hostitelské exprese a minimalizaci její antivirové funkce. Pochopení vztahů hostitelských proteinů a virů může vést do budoucna k efektivnějšímu cílení terapeutických preparátů proti virovým infekcím. Klíčová slova: helikázy, DExD/H-box motiv, DHX9, viry, životní cyklus viru
|
|
|
Interdoménové a intradoménové interakce u motorové podjednotky EcoR124I: Výpočetní studie
SINHA, Dhiraj
EcoR124I is a Type I restrictionmodification (RM) enzyme and as such forms multifunctional pentameric complexes with DNA cleavage and ATP-dependent DNA translocation activities located on the motor subunit HsdR. When non-methylated invading DNA is recognized by the complex, two HsdR endonuclease/motor subunits start to translocate dsDNA without strand separation activity up to thousands base pairs towards the stationary enzyme while consuming ~1 molecule of ATP per base pair advanced. Whenever translocation is stalled the HsdR subunits cleave the dsDNA nonspecifically far from recognition site. The X-ray crystal structure of HsdR of EcoR124I bound to ATP gave a first insight of structural/functional correlation in the HsdR subunit. The four domains within the subunit were found to be in a square planer arrangement. Computational modeling including molecular dynamics in combination with crystallography, point mutations, in vivo and in vitro assays reveals how interactions between these four domains contribute to ATP-dependent DNA translocation, DNA cleavage or inter-domain communication between the translocase and endonuclease activities.
|
host ::
RSS.